CodeIgniter2.0.1へ移行完了

CI 1.7.2では複数のファイルアップロードに対応していないと書いてしまいましたが、
さらに調べて見たら普通に出来ることがわかりました。
出来ないと思っていたのですが、PHP側のコードミスで機能していなかっただけで、修正したらいくらでもいけることがわかりました。
そこはサクッと修正しつつも、ついでだったのでCI 1.7.2から2.0.1への移行を完了しました。

さすがにこのサイトを直接いじるのはよくないので仮想環境はお手軽にそろえる事の出来るVirtualBoxで作成しました。
環境自体はWEBが動くだけのシンプルな構成で作成。

まずは、作成した環境にCodeigniter2.0.1を放り込みwelcomeページが表示されることを確認。
ここまでは良かったのです。
1.7と2.0ではフォルダの構成が変わっているのでパスの変更とかが必要になるかな？
という程度の認識でしたが、色々とWEBサーバーに足りないせいで問題が続出しました。
まずトップ画面だけを移植。
まずはこんなエラーが発生

Fatal error: Class /Controller/ not found ～～～

Fatal error: Call to undefined method CIController::Controller()～～

PHP Fatal error: Uncaught exception /PDOException/ with message /SQLSTATE[HY000] [14] unable to open database ～～

PHP Warning: Call-time pass-by-reference has been deprecated - argument passed by value; If you would like to pass it by reference, modify the declaration of sscanf(). If you would like to enable call-time pass-by-reference, you can set allowcalltimepassreference to true in your INI file. However, future versions may not support this any longer～～

CodeIgniter